1.關于印發《臺灣海峽兩岸直航船舶監督管理暫行辦法》的通知（海船舶〔2008〕597號）第十一、十二、十三、十四條：

第十一條  直航船舶擬進入大陸港口，船方或具備相應資質的船舶代理人應在直航船舶駛離上一港口時向抵達港的口岸查驗部門提出申請，經許可后方可進港。

第十二條  直航船舶進出大陸港口，船方或具備相應資質的船舶代理人應向海事管理機構申請辦理進出港查驗手續。

船舶在港停泊時間不足24小時的，經海事管理機構同意，進出港查驗手續可以同時辦理。船舶領取出港許可證后，情況發生變化或者24小時內未能駛離港口的，應重新辦理出港手續。

第十三條  海事管理機構在辦理直航船舶進出港查驗手續時，必須查驗下列證書和資料：

（1）  船舶登記證書；

（2）  船舶檢驗證書；

（3）船員適任證書（包括其他特殊培訓證書）；

（4）《船舶最低安全配員證書》；

（5）危險貨物申報單（適用于裝載危險貨物的船舶）；

（6）《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》；

（7）安全監督管理所需要的其他證書。

對未經許可擅自從事兩岸間航運業務的船舶，海事管理機構不得為其辦理進出港手續，并通報交通主管部門。

第十四條 直航船舶進出港申請、許可和查驗使用專用單證格式和專用印章。

2.《關于辦理海峽兩岸直航船舶進出港手續有關事項的通知》（海船舶〔2008〕595號）

（一）船舶具有齊備、有效的證書、文書與資料；

（二）船舶配員符合最低安全配員的要求，船員具備適任資格；

（三）船舶擬進入水域為對國際航行船舶開放水域，?？康拇a頭、泊位、港外裝卸點滿足安全、防污染和保安要求；

（四）載運貨物的船舶所載貨物沒有國家禁止入境的貨物或者物品；載運危險貨物和污染危害性貨物的船舶，按規定已辦理船舶載運危險貨物和污染危害性貨物進港審批；

（五）核動力船舶或者其他特定的船舶，符合我國法律、行政法規、規章的相關規定。

（一） 受理

1、受理人收到兩岸直航船舶進港申請后，應對申請事項是否屬本機構管轄范圍、申請人是否符合申請條件、申請材料是否齊全等進行審查，申請材料應包括：

（1）《直航船舶進出港申請書》（一式四份）；

（2）船舶概況報告單；

（3）船員名單（無旅客者免）；

（4）貨物申報單（無貨物者免）；

（5）上一港口出港許可證明；

（6) 其他需要的資料（另紙附送）

（7）《臺灣海峽兩岸間水路運輸許可證》和《臺灣海峽兩岸間船舶營運證》復印件。

兩岸直航船舶進港申請如通過網上申報的，申請人可通過國際貿易“單一窗口”網上報送申請材料的掃描件。

（二）審核

1、受理人審核同意后，在《直航船舶進出港申請書》中簽署意見，加蓋兩岸直航船舶進出港審批專用章；簽署意見的《直航船舶進出港申請書》留存一份。

2、受理人審核不同意，制作加蓋兩岸直航船舶進出港審批專用章的《不予海事行政許可決定書》。